大はまりしたので、忘備録です。
まずは、新しいAlloyコントローラを付けたします。
（今回はmokkkouViewと命名。）
index.jsから新しい画面を開くことにしました。
開きたいファンクションに以下を追加です。
var ctrl = Alloy.createController('mokkouView').getView();
var win = Ti.UI.createWindow();
win.add(ctrl);
win.open();
新しいウィンドウを開けました。
「ctrl.open()」では、ダメで、はまりました。
日本語文献がまだ少ないので、大変です。。。
その他ちょっと今日学んだことを、おまけで記載。
■画面を縦に固定
$.index.orientationModes = [Titanium.UI.PORTRAIT];
■ナビバーを隠す
$.index.navBarHidden = true;